Sanitasi kolam biasanya dilakukan dengan menjaga
kebersihan kolam dan air yang digunakan. Kolam sebaiknya dikeringkan
secara berkala, bahkan jika perlu dilanjutkan dengan perlakuan bahan
kimia atau pengapuran. Disamping itu sampah atau lumpur harus segera
dibersihkan agar tidak mengganggu kehidupan ikan di kolam. Pengeringan
kolam biasanya dilakukan setelah selesai masa panen, yaitu selama 2 - 5
hari. Maksudnya untuk memutus siklus hidup organisme penyakit atau
parasit yang ada di kolam. Pada kolam dengan dasar tanah, proses
pengeringan kolam sering dikombinasikan dengan pengapuran. Pengapuran
kolam dapat memberikan keuntungan ganda, yaitu mencegah keasaman kolam
dan membunuh telur atau spora penyakit maupun parasit yang tidak mati
selama proses pengeringan kolam. Dosis kapur yang digunakan adalah 200
gram per meter persegi dan dibiarkan selama 1 (satu) minggu.
Untuk
memberikan efek pengapuran yang optimal sebaiknya tanah dasar kolam
digali dahulu sedalam 20 cm, kemudian baru ditaburi kapur dan diaduk
hingga benar-benar tercampur. Pembuatan bak
pengendap lumpur untuk menyaring air yang masuk sangat membantu dalam
penyediaan air bersih, terutama jika usaha pemeliharaan ikan dilakukan
dalam skala besar. Air yang digunakan untuk mengairi kolam
sebaiknya diperoleh dari sumber yang bersih, bebas dari pencemaran
industri maupun sampah. Kadar bahan organik yang terkandung dalam air
sebaiknya jangan terlalu tinggi.
Penggunaan obat-obatan dalam
sanitasi kolam bertujuan untuk membunuh penyakit atau parasit ikan yang
mungkin masih hidup atau terbawa oleh saluran air ke kolam. Tentunya
harus juga diperhitungkan agar obat-obatan yang dimasukkan ke kolam
tidak membahayakan kehidupan ikan. Obat yang biasa digunakan
untuk mencegah serangan penyakit atau parasit adalah Kalium Permanganat
(KMnO4) dengan dosis berkisar antara 3 - 20 gram untuk setiap meter
kubik air. Selama pemberian senyawa kimia ini, air kolam harus dibiarkan
tergenang selama sehari dengan cara menutup saluran pemasukkan dan
pengeluaran air. Tujuannya adalah untuk meningkatkan efektivitas Kalium
Permanganat dalam membunuh semua organisme berbahaya yang terdapat
dikolam.
Untuk mencegah serangan jamur, terutama pada kolam
penetasan biasanya digunakan Methylen Blue. Jamur biasanya akan
menyerang telur-telur ikan terutama bila temperatur air terlalu rendah.
Methylen Blue juga dapat digunakan untuk mencegah serangan jamur pada
induk maupun anak-anak ikan yang dipelihara.Benih penyakit
atau parasit dapat masuk ke kolam karena terbawa air, tumbuhan air atau
benda maupun binatang lain yang sengaja dimasukkan sebagai hiasan.
Selain itu, benih penyakit atau parasit dapat pula terbawa oleh binatang
jasad renik makanan ikan, seperti jentik nyamuk (cuk), kutu air
(cladocera, daphnia), cacing sutera.
Pada umumnya, penyakit atau parasit
ikan dapat bertahan hidup di perairan yang ada ikannya, terutama di
perairan yang kondisi lingkungannya buruk. Oleh sebab itu agar tidak
menjadi sumber penyebab menularnya penyakit atau parasit, makanan alami
sebaiknya diambil dari suatu tempat yang benar-benar bersih. Perlakuan
karantina, baik terhadap makanan alami, benda maupun organisme yang
dimasukkan merupakan cara lain untuk mencegah penularan benih penyakit
atau parasit. Diharapkan setelah dikarantina selama 1 - 2 minggu, benih
penyakit atau parasit akan mati karena tidak menjumpai ikan sebagai
salah satu inang dalam siklus hidupnya. Dengan tujuan serupa, air yang
akan digunakan sebagai media budidaya sebaiknya dibiarkan dahulu dalam
udara terbuka selama beberapa hari.